UV反应器表面生长生物膜，是UV消毒系统经常会遇到的问题。生物膜能够遮挡UV，使微生物不受UV辐射的影响，会严重影响消毒的效果。
在盖有标准格网板的明渠中，即使是微弱的光线，也会在外露的表面生长生物膜(一般为真菌和丝状菌)。使用低压灯的封闭式UV系统中的生物膜不太严重，但中压灯UV消毒系统例外。原因是中压UV灯发射的部分光谱在可见光范围内，能够刺激微生物的生长。
解决方法：定期用次氯酸纳、过氧乙酸等清洗剂或消毒剂清洗，以抑制生物膜的孽生。对明渠消毒系统，须把UV渠道完全盖住。