水处理领域广泛关注的“两虫”，即隐孢子虫(Cryptosporidium Parvum)和贾第虫(Giardia muris)，在欧洲和美国的地表水中普遍存在，对人体健康的危害非常大。美国的LTIESWTR法规要求给水厂对隐孢子虫和贾第虫的灭活率分别达到2log和3log，LT2ESWTR法规的要求更加严格，根据原水受污染的水平，隐孢子虫的对数去除率要达到2-4.5log。
UV对隐孢子虫具有良好的灭活效果。Zimmer等的研究表明，1mJ/cm²的UV剂量，低压灯和中压灯对隐孢子虫的灭活率分别可以达到1.5log和3log以上：32mJ/cm²的UV剂量，低压灯和中压灯的灭活率没有区别，均为3log以上。Craik等认为，低压灯和中压灯对隐孢子虫的灭活效果没有明显的差别，但要达到2log和3log的灭活率，所需的UV剂量分别为10mJ/cm²和25mJ/cm²。Song S.Qian等人的观点为，在95%的置信度下，8-14mJ/cm²的UV剂量可达到3log的灭活率。与UV消毒相比，氯对隐孢子虫卵囊的灭活效果较差：4-30℃范围内，pH为6.0时，要达到2log的灭活率，氯的CT值(平均剩余浓度与接触时间之积)至少约1500mg.min/L。Rochelle等对相关的研究成果进行总结，发现在一定的UV剂量范围内(<10mJ/cm²)，隐孢子虫的对数灭活率与UV剂量成正比。
UV对贾第虫同样具有良好的灭活效果。Stephen等的研究表明，5mJ/cm²的UV剂量对贾第虫孢囊的灭活率大十2log；UV低十8mJ/cm²时，贾第虫的对数存活率与UV剂量呈明显的线性相关；UV剂量超过8mJ/cm²后出现了拖尾现象。SongS.Qian等人对实验结果的统计分析表明：12-20mJ/cm²的UV剂量可实现3log的灭活率，置信水平为95%。