物理消毒主要包含机械性铲除、阳光及紫外线消毒和高温消毒等。

　　①机械性铲除。用清扫、铲刮、洗刷等机械办法铲除降尘、污物及被污染的墙壁、地上以及设备上的粪尿、残余饲料、废物、废物等。必要时舍外的表层土，也一齐铲除，以削减感染疫病的机会。另外，通风可以削减空气中微粒与细菌的数量，削减经空气传达疫病的机会。

　　②阳光及紫外线消毒。直射阳光具有较强的消毒作用，是一种可遍及使用的天然消毒剂。一般病毒和非芽孢的菌体，在直射阳光下，只需几分钟到1小时，就能被杀死。即使是抵抗力很强的芽孢，在接连几天的强烈阳光下，反复暴晒也可变弱或被杀死。因而，使用直射阳光消毒牧场、运动场及可移出舍外、已清洗的设备与用具，既经济又简便。散射光也能将畜禽舍内的微生物杀死，但作用弱得多。阳光的灼热使水分蒸发引起的干燥亦有灭菌作用。

　　紫外线消毒器对微生物的作用主要有两个方面；

　　一是可以使细菌的酶、毒素等灭活；

　　二是紫外线能使细胞变性，进而引起菌体蛋白质和酶代谢妨碍而导致微生物变异或死亡。

　　由于这种射线穿透力甚微，只对表面光洁的物体才有较好的消毒作用，空气中的微粒能吸收很大部分紫外线，不能到达遍及灭菌的意图。紫外线对不同的微生物灭活所需的照射量不同。病毒对紫外线的抵抗力更大一些。

　　③高温消毒。高温消毒主要有火焰、煮沸与蒸汽三种方式。火焰可用于直接焚毁全部被污染而价值不大的用具、垫料及剩下饲料等。对铁制设备及用具、土墙、砖墙、水泥墙缝等均可用此办法，木制工具表面也可用烧烤的办法消毒。由于火焰喷射器靠时间短高温来消毒，作用难以保证。而煮沸与蒸汽消毒作用比较好，主要消毒衣物和器械。